機械だと

http://d.hatena.ne.jp/momdo/20060126/p2

はおそらく、私が一頭の馬を構成する親たちを馬自身と同様に扱おうとしているのに対して、arikuiさんは馬自身のみが扱う対象であって、親は自分という個体に従属しているに過ぎないとする考え方の違いじゃないかな、と思います。

momdoさんの書き方は、

両親
　馬
　両親
　馬
　両親

となっているけど、機械的には、

両親
　馬
　馬
　両親
　両親

でも同じ、っていうのがちょっと戸惑ってしまうんですよね。だから属性が重要になってくるんだけど、
http://momdo.s35.xrea.com/xmltest/blood.xml
という属性抜きの書き方をした場合、

両親
　馬 ウインドインハーヘア
　馬 サンデーサイレンス
　両親 父系
　両親 母系

のように馬の順番が入れ替わってしまうと、どっちが父系か分からなくなってしまう。その都度属性を見てやる必要があるのが面倒な気がします。つまり、馬単位で辿っていくときにちょっと戸惑ってしまうかなと。そのかわり、代で辿るぶんには強力な気がします。両親だけを見ていけばいいので。
つまり、momdoさんの書き方は、

• "父母父"という検索には向いている
• "サンデーサイレンス→Wishing Well→Understanding"という検索には向かない

という感じだと思います。恐らく。ただ、それも属性次第かな。
主観的に、機械に読ませるなら自分の方を使いたい感じです。momdoさんの方も用途によっては使いやすいと思うんですけど、やっぱ属性を見ていく必要があるのがどうも面倒な感じがするんですよね。